r语言go分析可视化代码,GO分析可视化
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
前面我给大家详细介绍过
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☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
R语言可视化常用代码
(供自己记录)
adj位置调整
ask询问
bg背景
bty图形边框风格,o四边都有边框,l左边和下边,7右边和上边,c上边、左边和下边,
cex设置点和字符的大小,axis坐标轴上标签字的大小,lab坐标轴上命名的大小,main标题的大小,sub副标题的大小,col颜色。
family字体的风格,
fg前景颜色
font图片字体的风格,字体,粗体,斜体
las坐标轴的运行关系,坐标轴上的字和坐标轴的关系,字会转
lend线的两端的样式
lty线的形式,直线、虚线
lwd线的粗细
Mai、mar、mex画布的大小
Mfcol、mfrow是来切分画布的,放几个fig在画布中,两个功能一样
pch是用来定义点的形状的,有25个形状
srt用来定义图中的文字的角度
Txk坐标轴上的刻度的大小,刻度的字体大小
Xaxt/yaxt不想要坐标轴的标签
Xlog/ylog是x轴和y轴设置为log值
Xpd把绘图区设置为整个画布
Fig表示图形的四个角的位置
New是在图中生成图
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle
查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理
观察结论:
观察自己的两个数据表:
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包
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