pythonGEO函数 python中merge

1geo的g为什么函数

GEO就是一个函数。1geo的g是函数的原因是因为GEO就是一个函数。计算机的函数是一个固定的一个程序段，或称其为一个子程序，可以实现固定运算功能的同时还带有一个入口和一个出口，而geo函数用于生成地理位置（GEOGRAPHY）数据类型的值或对其执行操作。

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python调用百度地图这个怎么搞

不是所有的地址都能得得一个有效的地理编码的，需要检查status是否为0。

参考以下代码：

# coding=utf-8

from urllib.request import urlopen, quote

from json import loads as loadjson

ak = '--------------------------------'

def _url(service,**kv):

qstr = ''

url = '' \

+ service + '/v2/' \

+ '?output=json' \

+ 'ak=' + ak

for k, v in kv.items():

url += '' + k + '=' + quote(v)

return url

def baidumapapi(service,**kv):

data = urlopen(_url(service,**kv)).read().decode('utf-8')

return loadjson(data)

geo = baidumapapi('geocoder',address='gd')

if geo['status'] == 0:

try:

print(geo['result']['location']['lng'])

except (Exception,):

print(geo)

else:

print('{}({})'.format(geo['msg'] if 'msg' in geo.keys() else geo['message'],

geo['status']))

Python 数据可视化：地理信息可视化及扩展应用

在上一课中，我们已经介绍过使用 Plotly 实现地理信息可视化的方法。但是，那个工具对我们不是很友好，特别是由于某种不可抗力的存在，可能根本无法调试。

不过，pyecharts 的确在地理信息可视化上做得不错——如果仅做国内地图，特别推荐使用，还是通过示例来说明吧。

首先，要安装地图文件，安装方法如下：

不仅可以安装上述官方提供的地图文件，还能够自己制作个性化的地图扩展，具体请点击这里参阅。

有了上述基础，就可以进行地理信息可视化了（以下示例的数据源，请点击这里查看）。

实现上述效果的类是 Geo，默认情况下绘制散点图，此外可以实现 type='effectScatter'（闪耀的散点图）和 type='heatmap'（热图）。

此图也是动态交互的，通过左侧图例选择不同数值范围，相应地会显示该范围内的数据。

如果按照前面所述安装了各种地图文件，还可以在 geo.add 方法中规定地理范围。

在 pyecharts 地图中认可的城市名称都如同上述结果显示的那样，例如“阜新”，不要写成“阜新市”。

下面就绘制江苏省的空气质量分布图。

输出结果：

这里的 geo.add 参数与前面的不同，导致了展示效果的差异。

一直以来，房价都是人们关注的话题，下面就用可视化的方式研究一下近十年（2009—2018 年）全国部分城市平均房价（数据源：）。

输出结果：

在热图查看房价的基础上，为了更准确查看某些城市的房价走向，可以使用折线图看看趋势，例如下列几个城市。

Python中的GeoPandas和GeoDataFrame

GeoPandas是对pandas的扩展，用于处理地理空间数据

GeoDataFrame是其中一个数据类型，和ArcGIS中的属性表很像，有几何形状字段（红框）和常规的属性字段（绿框），就名称不一样而已。

前提：import geopandas as gpd

读入之后，df为GeoDataFrame格式，结构如下：

结果：

geometry字段中记录的是几何形状，类型是GeoSeries，有很多函数进行相应操作

之后的df完全可以套用dataframe的操作方法

假如现在的df为：

iloc 输入的是数字类型位置索引

loc 输入的是文本类型的位置索引名

at 和loc的用法差不多

it 就是属性表中的一行。math为其中的一个字段名

输出：

df[1]['math']=100 这种只要是用两个括号进行索引修改的均无效，这种索引方式可以理解为先拿出了一行（是个视图），修改实际上并未对原数据修改。

此外，尝试利用上述iloc遍历修改也不行

会出现错误：

正确做法是在原df上取值，一个括号直接定位。

通过iloc遍历修改可写成如下方式：

关键语句：gp.name

正常人的思维都会认为sort_values排序之后，按1,2,3……去索引数据的时候就是一个从排好序的数据，但是实际上如下图所示，sort_values后数据表确实按数学成绩排序了，但是索引并未改变，这是按照按1,2,3……去索引其实还是原来的顺序，看起来好像并未排序，所以排序后最好用reset_index重新建立索引。

以下将string类型的Neighbors改为list类型

以下将list类型的Neighbors改为string类型

基因芯片数据分析-1: 使用GEOquery 包从GEO获取数据

GEOquery 包使用指南

GEO（The NCBI Gene Expression Omnibus）是NCBI专门储存高通量测序的库。如基于芯片数据（mRNA、DNA、蛋白丰度），蛋白质质谱数据和高通量测序数据。

GEO数据主要有4种基本类型。Sample, Platform 和 Series是由作者上传的数据，dataset是由GEO官方从做和提交的数据整理出来的。

## 1.1 Platforms

GEO 号：GPLxxx。

芯片的组成信息，例如 cDNAs, oligonucleotide probesets, ORFs, antibodies 。或者其它定量检测平台信息，例如SAGE tags, peptides。

## 1.2 Samples

GEO 号: GSMxxx

描述单个样本信息，处理步骤、处理条件以及实验测得的结果。一个样本可能属于多个研究（Series）。

## 1.3 Series

GEO 号：GSExxx

涉及同一个研究的记录，包括处理过的数据、总结和分析；信息可以从GSEMatrix文件解析快速得到。

##1.4 Datasets

GEO 号：GDSxxx

一套经过整理的GEO 数据集。每套数据都是可以进行生物学或者统计学上比较的样本，是GEO自带工具进行数据分析和展示的基础。一个 GDS数据集来自同一个平台，数据分析和标准化都具有一致性。

getGEO 函数可以从GEO官网获取数据或者将固定格式数据解析为R格式的数据。

GEOquery 数据结构大致分为两类。第一种是GDS, GPL和GSM,他们的操作和数据类型差不多；第二种是GSE，GSE数据是由GSM和GPL整合而成。

## 3.1 GDS, GSM 和 GPL

这些数据类组成

可以使用show()查看这些数据类。

##3.2 GSE类

GSE类组成：

GEO datasets与limma 数据结构MAList 和Biobase数据结构 ExpressionSet比较相似。可以相互转换：

## 4.1 Getting GSE Series Matrix files as an ExpressionSet

GEO Series是一套实验数据的集合，有SOFT，MINiML格式文件，以及一个 Series Matrix File(s)文本。Series Matrix File是tab-delimited text， getGEO 函数可以解析，解析结果就是ExpressionSets。

一个GSE下如果存在多个GPL测序，筛选特定的GPL数据；GSE会有多个列表 gset[[idx]]

##4.2 Converting GDS to an ExpressionSet

##4.3 Converting GDS to an MAList

ExpressionSet不包含注释信息， getGEO 可以帮助我们获取。

与ExpressionSet不同，the limma MAList 包含基因注释信息。上面的gpl包含注释信息。

MAList不仅包含数据，还包含样本信息，和注释信息。

4.4 Converting GSE to an ExpressionSet

GSE转换成ExpressionSet

这个GSE包含两个GPLs，GPL96 和 GPL97。

筛选使用GPL96 的GSM。

获取表达矩阵：

构造ExpressionSet

##6.1 Getting all Series Records for a Given Platform

英文版原文见：[Using the GEOquery Package